Im Gesundheitswesen fallen große Mengen an Daten an, die erfasst, ausgewertet oder dokumentiert werden müssen. In Krankenhäusern werden Patientendaten gesammelt, Befunde eingegeben, Therapieverfahren und Medikamentengaben bestimmt. Zudem müssen Daten für Operationen bereit gestellt werden. Diese Daten werden intern genutzt und gehen auch an die Krankenkassen. Diese benötigen sie für die Kosten- und Leistungsrechnungen. Medizininformatiker und Medizininformatikerinnen entwickeln all diese Informationssysteme, pflegen die Datenbanken und schützen sie vor Missbrauch. Die ganze Administration eines Krankenhauses, vom Einsatz des Ärzte- und Pflegepersonals bis zur Erstellung von Patienten-Entlassungspapieren wird über diese IT-Systeme geregelt.
Medizininformatiker und Medizininformatikerinnen programmieren medizinische Geräte und bilderzeugende Verfahren wie z.B. Magnetresonanz-Tomografie . Sie programmieren Roboter für computerunterstützte Operationen oder Überwachungssysteme für Intensivstationen. Sie entwickeln auch computergesteuerte Prothesen, mit denen der Patient die Bewegungen mit seinen Gedanken steuern kann.
Medizininformatiker und Medizininformatikerinnen arbeiten im Gesundheitswesen, bei Pharmaunternehmen, bei Herstellern von medizintechnischen Produkten oder in Forschungseinrichtungen.